დავით ჭაკუა ე.წ ციხის ბუნტის საქმეზე ერთ-ერთი ბრალდებულია. საქმის მასალების თანახმად, 2006 წლის 27 მარტს ღამის საათებში იუსტიციის სამინისტროს სასჯელაღსრულების დეპარტამენტის იმდროინდელი უფროსი, ბაჩანა ახალაია კოლეგებთან ერთად, რომელთა შორის მეგის ქარდავა, დავით ჭაკუა და რევაზ ჭარბაძეც იყვნენ, პატიმართა და მსჯავრდებულთა სამკურნალო დაწესებულებაში მივიდა, საიდანაც რამდენიმე პატიმარი თბილისის N7 დაწესებულებაში უნდა გადაეყვანათ. ამ პატიმართა გადაყვანას და გადაყვანის პროცესში მათ არასათანადო მოპყრობას სამკურნალო დაწესებულების პატიმრების პროტესტი მოჰყვა, რაც შემდეგ N5 ციხეს გადაედო და ამბოხში გადაიზარდა. N5 ციხეში კონტროლის დასამყარებლად ბაჩანა ახალაიას გადაწყვეტილებით სპეცოპერაცია ჩატარდა. სპეცდანიშნულების რაზმის წევრთა ავტომატური ცეცხლსასროლი იარაღებიდან განხორციელებული სროლის შედეგად 7 პატიმარი, მათ შორის 23 წლის ზურაბ კუხალაშვილი და 29 წლის არსენ ბუხრაშვილი, გარდაიცვალა. 22-მა პატიმარმა სხეულის დაზიანება მიიღო.
ე.წ. ციხის ბუნტის საქმეზე დავით ჭაკუას ბრალი არაადამიანურ მოპყრობასა და უფლებამოსილების გადამეტებაში ედებოდა. 2020 წლის აპრილში ევროპის ადამიანის უფლებათა სასამართლომ საქმეზე „კუხალაშვილი და სხვები საქართველოს წინააღმდეგ“, გადაწყვეტილება მიიღო. სასამართლომ ევროპული კონვენციის მე-2 მუხლის (სიცოცხლის უფლება) დარღვევა დაადგინა.
გარდა ამისა, დავით ჭაკუას ბაჩო ახალაიასთან ერთად, ბრალად წარდგენილი ჰქონდა ბიზნესმენ ზვიად აბესაძისთვის თავისუფლების უკანონოდ აღკვეთა და ცემა.
იუსტიციის ყოფილ მინისტრთან ზურაბ ადეიშვილთან ერთად, ჭაკუას ბრალად ედებოდა პატიმართა მიმართ დამამცირებელი და არაადამიანური მოპყრობის ორგანიზება, სამსახურებრივი უფლებამოსილების ბოროტად გამოყენება, სისხლის სამართლის საქმეზე მტკიცებულების ფალსიფიკაცია და მოწმეზე ძალადობა. პროკურატურის მტკიცებით, 2012 წლის 17 სექტემბერს, ადეიშვილმა ციხის სკანდალური კადრების გავრცელებამდე, ჭაკუას დაავალა გლდანის ციხეში წინასწარ შერჩეული პატიმრების მიმართ დამცირების, წამების, ცემისა და სიტყვიერი შეურაცხყოფის ორგანიზება და ამ ფაქტის ვიდეოგადაღება, რათა სკანდალური კადრების მოსალოდენლ გავრცელებამდე საზოგადოებას შექმნოდა აზრი, რომ ისინი დაკვეთით იყო გადაღებული.
დავით ჭაკუა ბრალდებებს უარყოფდა.
ჭაკუა სასჯელაღსრულების დეპარტამენტის უფროსის თანამდებობაზე 2009 წლიდან 2012 წლის 18 სექტემბრამდე მუშაობდა. ციხის კადრების გავრცელებისთანავე ის გადააყენეს. საპარლამენტო არჩევნებში „ქართული ოცნების“ გამარჯვების შემდეგ დავით ჭაკუამ საქართველო დატოვა. მასზე საერთაშორისო ძებნა 2013 წლის მარტში გამოცხადდა.
აღსანიშნავია, რომ საქართველოს პროკურატურამ 2013 წლის ივლისშიც განაცხადა, რომ ჭაკუა ავსტრიის სამართალდამცავმა ორგანოებმა დააკავეს. პროკურატურა მაშინ აცხადებდა, რომ ავსტრიის იუსტიციის ფედერალური სამინისტრო მზად იყო განეხილა დაკავებულის საქართველოში ექსტრადიციის საკითხი, თუ ქართული მხარე შესაბამის მასალებს მიაწოდებდა. იმ პერიოდში ჭაკუას ექსტრადირება არ მომხდარა.
