დადგენილების ამოქმედებიდან 5 სამუშაო დღის ვადაში შეიქმნება სარეორგანიზაციო კომისია, რომელიც სააგენტოს მიზნებს, ფუნქციებსა და ამოცანებს განსაზღვრავს. სააგენტოს ხელმძღვანელს თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს ოკუპირებული ტერიტორიებიდან დევნილთა, შრომის, ჯანმრთელობისა და სოციალური დაცვის მინისტრი.
სააგენტო ფუნქციონირებას 2019 წლის 1 იანვრიდან დაიწყებს და წამლისა და ფარმაცევტული საქმიანობის საკითხებთან დაკავშირებით სამედიცინო საქმიანობის სახელმწიფო რეგულირების სააგენტოს სამართალმემკვიდრე იქნება.
