1957 წელს ირაკლი შიოლაშვილი ბერად აღიკვეცა და ილია ეწოდა. 1957 წლის 18 აპრილს სიონის საპატრიარქო ტაძარში ხელდასხმულ იქნა იეროდიაკვნად, ხოლო 1959 წლის 10 მაისს წმიდა სერგის მონასტრის ლავრაში მღვდელმონაზვნად.1960 წელს დაამთავრა მოსკოვის სასულიერო აკადემია. სამშობლოში დაბრუნების შემდეგ, ის ბათუმის საკათედრო ტაძარში მღვდელმსახურად დაინიშნა; 1961 წლის 19 დეკემბერს აყვანილ იქნა იღუმენის, ხოლო 1961 წლის 16 სექტემბერს არქიმანდრიტის ხარისხში; 1963 წლის 26 აგვისტოს დაინიშნა კათოლიკოს-პატრიარქის ქორეპისკოპოსად; 1963-1972 წლებში იყო მცხეთის სასულიერო სემინარიის პირველი რექტორი; 1967 წელს გადაყვანილ იქნა აფხაზეთის ეპარქიაში ცხუმ-აფხაზეთის ეპისკოპოსად; 1969 წელს აყვანილ იქნა მიტროპოლიტის ხარისხში; 1977 წლის 9 ნოემბერს დადგინდა პატრიარქის მოსაყდრედ. 1977 წლის 23 დეკემბერს მე-12 ადგილობრივ საეკლესიო კრებაზე მიტროპოლიტი ილია სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქად აირჩიეს. იმავე წლის 25 დეკემბერს საპატრიარქო ტახტზე მისი აღსაყდრება (ინტრონიზაცია) მოხდა.

2017 წლის 25 დეკემბერს ილია მეორის აღსაყდრებიდან 40 წელი შესრულდა.