2016 წლის აპრილში სახელმწიფო უსაფრთხოების სამსახურის ანტიკორუფციულმა სამსახურმა ირაკლი გეგეშიძე სამსახურებრივი უფლებამოსილების ბოროტად გამოყენებისა და სამსახურებრივი მდგომარეობის გამოყენებით დიდი ოდენობით თანხების გაფლანგვის ფაქტზე დააკავა. გამოძიება საქართველოს სსკ-ის 332-ე მუხლის პირველი ნაწილითა და სსკ-ის 182-ე მუხლის მე-2 ნაწილის „დ“ და მე-3 ნაწილის „ბ“ ქვეპუნქტებით მიმდინარეობდა, რაც სასჯელის სახით 7-დან 11 წლამდე თავისუფლების აღკვეთას ითვალისწინებს.
მოგვიანებით ირაკლი გეგეშიძე სასამართლომ გირაოს სანაცვლოდ წინასწარი პატიმრობიდან გაათავისუფლა.
მომხდართან დაკავშირებით საქმე სისხლის სამართლის კოდექსის 115-ე მუხლითაა აღძრული, რაც თვითმკვლელობამდე მიყვანას გულისხმობს.
