ფრიდონ საყვარელიძე 1992 წლიდან 2016 წლამდე „რესპუბლიკური პარტიის“ და მისი ეროვნული კომიტეტის წევრი იყო. პარლამენტის წევრად პირველად 1992 წელს აირჩიეს, მეორედ კი 2012 წელს. 2016 წლის საპარლამენტო არჩევნების შემდეგ, ფრიდონ საყვარელიძემ დავით უსუფაშვილთან ერთად, „რესპუბლიკური პარტია“ დატოვა.
2011-2016 წლებში ფრიდონ საყვარელიძე „ქრისტიანული განათლების ფონდის“ დირექტორი იყო და საზოგადოებრივ საქმეთა ინსტიტუტის ლექტორი. ასწავლიდა პოლიტიკურ იდეოლოგიებს. ფრიდონ საყვარელიძე ავტორია რამდენიმე სამეცნიერო შრომისა და მონოგრაფიისა მედიცინაში. 1998 წელს შეადგინა და გამოსცა „ადამიანის უფლებათა ლექსიკონი“. წერდა საქართველოს სახალხო დამცველის ეგიდით გამომავალ ჟურნალ „სოლიდარობაში“ ადამიანის უფლებების, სამოქალაქო საზოგადოების, რელიგიის, პოლიტიკური იდეოლოგიების და დემოკრატიის საკითხებზე. ის ავტორია წიგნისა „მადამ გილიოტინას საყვარლები“. ფრიდონ საყვარელიძემ ოთარ ზოიძესთან ერთად, ქართულ ენაზე თარგმნა მეოცე საუკუნის ღვთისმეტყველის, პროტოპრესვიტერ ალექსანდრე შმემანის წიგნები: „მართლმადიდებლობის ისტორიული გზა“, „ცოცხალი რწმენის შესახებ“, „ევქარისტია“ და „ღვთისმსახურება და ღვთისმეტყველება“.
