ზურაბ ნეფარიძეს პროკურატურამ ბრალდება საქართველოს სისხლის სამართლის კოდექსის 338-ე მუხლის მესამე ნაწილის „გ“ ქვეპუნქტით (ოთხი ეპიზოდი), 180-ე მუხლის მესამე ნაწილის „ა“ და „ბ“ ქვეპუნქტით (სამი ეპიზოდი) და 169-ე მუხლით წაუყენა.
მთავარი პროკურატურის ინფორმაციით, სასამართლოში გამოკვლეული მტკიცებულებებით დადასტურდა, რომ ზურაბ ნეფარიძე საკრებულოს მაჟორიტარი წევრის ბიუროში დასაქმებულ ოთხ თანამშრომელს, სამსახურიდან გათავისუფლების მუქარით ქრთამის სახით სძალავდა ყოველთვიურად დარიცხული ხელფასის ნაწილს. 2014-2017 წლების პერიოდში მან თანამშრომლებს ქრთამის სახით გამოსძალა 16 040 ლარი.
ასევე დადგინდა, რომ ზურაბ ნეფარიძე სამსახურებრივი მდგომარეობის გამოყენებით, მოტყუებით, მართლსაწინააღმდეგო მისაკუთრების მიზნით, დაეუფლა მაჟორიტარის ოფისის ფუნქციონირებისთვის საკრებულოს მიერ გამოყოფილ თანხებს. მან თავის ბიუროში ფიქტიურად დაასაქმა მისი შვილის მეგობარი, რომელსაც წინასწარი შეთანხმების თანახმად, ყოველთვიურად ერიცხებოდა ხელფასი, ხოლო რეალურად ამ თანხას ისაკუთრებდა ზურაბ ნეფარიძე. 2014 წლის 15 აგვისტოდან 2017 წლის 31 მარტის ჩათვლით, იგი თაღლითურად დაეუფლა 36 552 ლარს.
ზურაბ ნეფარიძე სუს-ის ანტიკორუფციულმა სააგენტომ 2017 წლის 25 აგვისტოს დააკავა. ის ქალაქ თბილისის მუნიციპალიტეტის საკრებულოში ისნის მაჟორიტარ დეპუტატად 2014 წლის თვითმმართველობის არჩევნების შედეგად იყო არჩეული.