ბადურ ჩოფანაშვლი და მასთან ერთად 3 პირი – ზურაბ გორნაკაშვილი, რუსლან ალდამოვი და რამაზ მარგოშვილი – სახელმწიფო უსაფრთხოების სამსახურმა 2017 წლის 26 დეკემბერს, დუისსა და ომალოში ჩატარებული სპეცოპერაციის შედეგად დააკავა. სპეცოპერაციის დროს სპეცრაზმელმა სასიკვდილო ჭრილობა მიაყენა 19 წლის თემირლან მაჩალიკაშვილს, რომელიც 10 იანვარს საავადმყოფოში გარდაიცვალა.
სუს-ი აცხადებდა, რომ დაკავებული პირები, ისევე როგორც თემირლან მაჩალიკაშვილი დაკავშირებულები იყვნენ 21-22 ნოემბერს ბერი გაბრიელ სალოსის ქუჩაზე ჩატარებული სპეცოპერაციის შედეგად ლიკვიდირებულ ახმედ ჩატაევთან და მისი დაჯგუფების წევრებთან.
„აღნიშნულმა პირებმა, უზრუნველყვეს ახმედ ჩატაევის და მისი თანამზრახველების ჯერ თურქეთის ტერიტორიაზე ტრანსპორტირება, მათი დროებითი საცხოვრებელი მისამართიდან საქართველოს საზღვრის კირნათი-მარადიდის მწვანე ზოლის მონაკვეთამდე, ხოლო შემდგომ დაეხმარნენ ამავე მონაკვეთით საქართველოში უკანონოდ შემოსვლაში. დაკავებულმა პირებმა ასევე უზრუნველყვეს დანაშაულებრივი ჯგუფის წევრების თბილისამდე ჩამოყვანა, დახმარება გაუწიეს ბინის ქირაობასა და იარაღის მოძიებაში“, – აცხადებდა სუს-ი.
ბადურ ჩოფნაშვილისა და ზურაბ გორნაკაშვილის საქმე ცალკე წარმოებად გამოიყო, რადგან ისინი გამოძიებასთან თანამშრომლობდნენ. პროკურატურას საპროცესო შეთანხმების პირობები უკვე შეთანხმებული ჰქონდა და ორივე ბრალდებულს სამი წლით თავისუფლების აღკვეთა და პირობითი მსჯავრი უნდა შეფარდებოდა, თუმცა საბოლოოდ, გორნაკაშვილმა საპროცესო შეთანხმებაზე უარი განაცხადა.
2018 წლის სექტემბერში, თბილისის საქალაქო სასამართლომ ბადურ ჩოფანაშვილი და ზურაბ გორნაკაშვილი დამნაშავეებად ცნო წარდგენილ ბრალდებაში – წინასწარი შეცნობით, ტერორისტებისთვის და ტერორისტული ორგანიზაციისთვის მომსახურების გაწევაში, ტერორისტებისთვის თავშესაფრის მიცემასა და რესურსებით უზრუნველყოფაში.
გამამტყუნებელი განაჩენის საფუძველზე ზურაბ გორნაკაშვილს 13 წლით თავისუფლების აღკვეთა განესაზღვრა. ბადურ ჩოფანაშვილის აღიარებითი ჩვენების საფუძველზე, სასამართლომ მხარეებს შორის მიღწეული საპროცესო შეთანხმება დაამტკიცა, რომლის საფუძველზეც ჩოფანაშვილი ცნობილ იქნა დამნაშავედ და სასჯელის სახედ განესაზღვრა თავისუფლების აღკვეთა 8 წლის ვადით, საიდანაც 3 წელი პენიტენციურ დაწესებულებაში მოიხადა, ხოლო 5 წელი ჩაეთვალა პირობით 6 წლის გამოსაცდელი ვადით.